
Tras fallecer el descubridor en Valladolid,el 20 de mayo de 1506, sus restos fueron depositados en el convento de San Francisco de dicha capital. Tres años después sus restos fueron trasladados a la sevillana Cartuja de Santa María de las Cuevas, donde permaneció hasta 1537, año en que, por deseo del finado, la familia decidió enviarlo a la isla de La Española, en cuya catedral fue albergado. Pero en 1795, al ceder España parte dela isla a los franceses, los restos fueron enviados a La Habana, ciudad en la que descansaron hasta 1889, cuando al tomar carácter la indepnendencia de las últimas colonias realizó su postrer viaje de retorno al Viejo Mundo, para descansar definitivamente en la catedral hispalense, lo que parece adverado por recientísimos análisis de ADN, si bien se mantiene la incógnita de si son parte o la totalidad de los mismos.