

Durante los años siguientes demostró una extraordinaria pericia en su enfrentamiento contra las fuerzas del Norte en Virginia hasta el punto de ser asemejado a un zorro. Sin embargo, no estuvo carente de errores de gravedad, como era, por ejemplo, su falta de concreción en las órdenes cursadas a sus subordinados y tras la muerte del general Stonewall Jackson le resultó cada vez más difícil enfrentarse con las tropas enemigas.
Su derrota en Gettysburg marcó el punto de inflexión de la guerra en favor de los unionistas.
Nombrado, en febrero de 1865 comandante en jefe de todos los ejércitos confederados, no pudo impedir el avance imparable de Grant y dos meses más tarde se vio obligado a rendirse en Appornattox. Al término del conflicto, fue separado del Ejército. Los últimos años de su vida los pasó como presidente del Washington College—actualmente Universidad Washington y Lee—. Murió el 12 de octubre de1870.
En 1975, más de cien años después, el Congreso de EEUU le devolvió a titulo póstumo la ciudadanía estadounidense.